オートポイエーシス (autopoiesis) は、1970年代初頭、チリの生物学者ウンベルト・マトゥラーナとフランシスコ・バレーラにより、「生命の有機構成 (organization) とは何か」という本質的問いを見定めるものとして提唱された生命システムの本質に迫ろうとする概念である。 特に細胞の代謝系や神経系に注目した彼らは、個別の物質を越えたシステムそのものとしての本質的な特性を、円環的な構成と自己による境界決定に認めた。 現在では、このような自己言及的で自己決定的なシステムを表現しうる概念として、元来の生物学的対象を越えて、さまざまな分野へ応用されている。 なお、オートポイエーシス という語はギリシャ語で自己製作 (ギリシャ語で auto, αυτό は自己、poiēsis, ποίησις は製作・生産・創作) を意味する造語であり、日本語ではしばしば自己創出、自己産出とも書かれる。
マトゥラーナとバレーラはオートポイエーシス的システムを以下のように定義している。
「オートポイエーシス的システムとは、以下のような構成要素を生み出す構成要素の生成 (変換、破壊) の過程の、境界をもつネットワークとして組織される（ある統一的単位として定められる）。 (1) [オートポイエーシス的システムは] それら [構成要素] の相互作用と変換とを通じて、それら [構成要素] を生み出した過程 (関係) のネットワークを持続的に再生成し実現する。 (2) [オートポイエーシス的システムは] 構成要素が存在する空間内で具体的な実体としてそれ (システム) を構成するが、それは、このようなネットワークとしてその [システムの] 実現の位相的 (topological) な領域を指定することによってである。」(Varela, 1979; Maturana and Varela, 1980 より訳出)
ここでは、システムの構成要素の作動の過程が最終的にその構成要素自体を作り出す円環的な組織的特性が指摘されているのと同時に、そのことによってネットワークが自己とそうでないものとの境界を自ら決定づけるものであるとされていることが特徴である。
円環的構成という点において、オートポイエーシス的システムは、アロポイエーシス (allopoiesis, 異種の産出の意) 的システムと対比できる。 例えば、アロポイエーシス的システムである自動車工場では、自動車 (組織化された構造) を作り出すために部品 (構成要素) を用いるが、そこで作り出される物 (自動車) は、それを作り出した物 (工場) とは別である。 一方、細胞では、核酸や酵素、代謝物のような様々な生化学的な構成要素からなり、細胞内の組織化された構造を作り上げているが、物質とエネルギーの外部との交換に基づいて作動しているこれらの構造は、その構造を維持しつづけるようにその構成要素を絶えず生成または分解している。 このような観点を採るとき、システムにとっては自己維持のみがその機能であり、それ以上でも以下でもないとみなすことができる。
さらに、オートポイエーシスの観点では、そうした過程全体の円環的な構造によってある閉包領域、操作的閉包 (operational closure) を作り出しており、それによってシステムと環境とを自ら区別していると考える。 こうしたシステムによるシステムの決定という観点は、オートポイエーシスという概念を利用することが、そうしたシステムの自律決定と、それを観測し記述することとの間をメタレベルで捉える視点を要求し、認識論的含意を無視されざるものとしている。
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このように自己言及的な組織構成に着目したとき、外部とやりとりされる物質やエネルギーは、通常この操作的閉包をなしている組織構成そのものにはそれを決定するような情報も原因も与えない。 もし、外部の影響が組織構成を破壊するようなものならば、それは単にシステム自体の崩壊、すなわち死を意味するだけである。 マトゥラーナとバレーラは、オートポイエーシス的システムにおいて、外部が組織構成を決定するようなものではないということを、オートポイエーシス的システムは入力と出力を持たないと表現した。 これは観測者がシステムと環境との区別を設けた上で、それらの入出力に注目する通常のシステム観とは鋭く対立するものである。